Nasceu em Arona, Lombardia, no dia 2 de outubro de 1538. Sobrinho do papa Pio IV, foi feito cardeal-diácono com o título de santa Praxedes com apenas 21 anos de idade e escolhido pelo próprio papa como secretário de Estado. Também estando em Roma dirigindo os negócios inerentes à sua função (foi o primeiro secretário de Estado no sentido moderno), teve o privilégio de administrar, ainda que de longe, a arquidiocese de Milão.
Quando morreu o seu irmão mais velho, renunciou definitivamente ao título de conde e à sucessão e preferiu ser ordenado, aos 24 anos, sacerdote e bispo. Dois anos depois, morto o papa Pio IV, Carlos Borromeu deixou definitivamente Roma e foi acolhido triunfalmente na sua sede episcopal milanesa, onde ficou até à morte em 3 de novembro de 1584. Sua divisa trazia como lema uma única palavra: Humildade. Não era uma simples curiosidade heráldica, era uma escolha consciente: ele, nobre e riquíssimo, privava-se de tudo e vivia em contato com o povo para escutar-lhe as necessidades e as confidências. Definiram-no o pai dos pobres: ele o foi no sentido pleno da palavra.
Prodigalizou seus bens na construção de hospitais, albergues, casas de formação para o clero, empenhando-se em levar à frente as reformas sugeridas pelo Concílio de Trento. Movido por um sincero espírito de reforma trouxe uma rígida disciplina para o clero e religiosos. Foi canonizado em 1º de novembro de 1610 pelo papa Paulo V.
Conservai, ó Deus, no vosso povo o espírito que animava São Carlos Borromeu, para que a vossa Igreja, continuamente renovada e sempre fiel ao Evangelho, possa mostrar ao mundo a verdadeira face do Cristo. Por nosso Senhor Jesus Cristo, vosso Filho, na unidade do Espírito Santo. Amém.