Nasceu em Pomuk, na Boêmia, em 1330; daí o seu nome de Nepomuceno; seus pais eram pobres, e estavam em idade avançada quando tiveram este filho pela intercessão da Santíssima Virgem. Para sempre se lembrar da afeição que deveria ter para com Nossa Senhora, deram-lhe o nome de João.
Enviado em boa hora à escola, ali aprendeu primeiramente os responsos da missa. Desde que os soube, ia todas as manhãs à igreja dos Cistercienses, fora da cidade, e lá servia todas as missas que se rezavam. Seus pais o mandaram estudar a língua latina em Staaze, considerável cidade do país. Aí estudou humanidades, sobretudo a retórica, com maior distinção.
Foi mandado para Praga, a fim de estudar teologia. Carlos IV, imperador da Alemanha e rei da Boêmia, acabava de fundar a Universidade de Praga sob o modelo das de Paris, Bolonha e Pádua. Atraíra mestres hábeis de todas as partes da Europa, e os havia contratado, prometendo-lhes magníficas recompensas. Para lá se dirigiu João Nepomuceno e colou grau de Doutor em Teologia e Direito Canônico.
Desde os primeiros anos sentiu forte inclinação para o sacerdócio e para isso havia destinado todos os seus estudos. Não se apresentou ao Bispo senão depois de ter passado um mês em retiro e purificado a alma pela oração, jejum e mortificação.
Assim que recebeu a unção sacerdotal, ordenaram-lhe fizesse valer o raro talento que tinha pela pregação. A sua fama de orador sacro conduziu-o à Corte, onde ocupava os cargos de Capelão e Confessor.
Venceslau, o Rei, era um indivíduo de mau caráter. Era dado às caçadas e possuía grande número de vícios. A Imperatriz Joana, filha de Alberto da Baviera, era uma Princesa ornada de todas as virtudes. Tocada pela unção que acompanhava os discursos de João Nepomuceno, escolheu-o para Diretor Espiritual.
Quanto aos fatos em si, que levaram São João Nepomuceno ao martírio, ainda não são bem conhecidos, e dificilmente virão a ser. Ao que parece, João teria querido defender os direitos da Igreja contra as pretensões do Rei, que desejava a constituição de um novo Episcopado na Boêmia.
O Rei Venceslau o encarcerou e, depois de o torturar, o mandou afogar nas águas do rio Moldávia na Vigília da Ascensão do Senhor de 1393 (para esconder do povo o crime). Deus tornou público o crime envolvendo o cadáver numa grande luz. Foi canonizado em 1729. Ele tem sido considerado um mártir da confissão, e os habitantes de Praga têm uma grande veneração por ele.
Deus, nosso Pai, nós cremos nas promessas que a nós reservais já aqui nesta terra: viver em comunhão conosco e com nossos irmãos, pois somente assim somos fortes e guardamos a esperança na vida. Amém.