Nasceu no dia 6 de fevereiro de 1452, filha primogênita de Dom Afonso V, e, portanto, herdeiro do reino. Mas desde cedo o espírito da jovem princesa estava mais disposto para o serviço de Deus do que para as grandezas da terra. Aos 12 anos já se recolhia ao seu oratório meditando as vidas e martírios dos santos. Quando, aos 15 anos, perdendo a mãe, seu pai lhe confiou o governo da casa real, começou por penitência a usar cilício e túnicas grossas e ásperas, por baixo das vestes finas. Assim assistia às festas da Corte, cobrindo os instrumentos de penitência com pedrarias e panos dourados. Grande parte das noites passava no oratório, ou de joelhos orando, ou deitada no chão, tendo por simples conforto uma almofada em que apoiava a cabeça; e muitas vezes recorria a cruéis disciplinas, para maior perfeito holocausto à justiça divina.
Jejuava a pão e água muitos dias, particularmente todas as sextas-feiras; e para que fosse completa a abstinência observava-a também nas palavras, procurando no silêncio aplicar melhor o espírito à meditação das coisas de Deus. Conforme o costume do tempo, os príncipes tinham uma divisa; a sua foi uma coroa de espinhos. Para os pobres tinha grande caridade, acudindo também com grandes esmolas às cadeias, hospitais e casas religiosas.
Era dotada de singular formosura, pelo que foi pretendida por muitos Príncipes; mas o seu desejo era abraçar a vida religiosa. Em 1471, obteve licença de seu pai e recolheu-se ao Mosteiro Odivelas, onde era abadessa sua tia D. Filipa. O fato causou grande estranheza e descontentamento. Fizeram muita pressão sobre ela para que desistisse.
A Princesa escolhera o Mosteiro de Odivelas só provisoriamente pois tinha os olhos postos no convento de Jesus de Aveiro onde ingressou e aí viveu santamente, dando-se a todos os exercícios religiosos, aos jejuns e penitências constantes e aos trabalhos mais modestos da comunidade, revelando sempre espírito caritativo e tão humilde, que a todos edificava. Imolava seu corpo pela conversão dos pecadores.
Faleceu em 12 de maio de 1490, vítima de cruel doença, cujas dores suportou com invencível paciência. Em Portugal sua festa é celebrada a 12 de maio.
Deus, nosso Pai, Santa Joana tudo fez para aliviar as dores, os sofrimentos dos aflitos e dos necessitados. Seu coração foi terno e misericordioso; seu espírito, despojado; sua vida, fundada na simplicidade e na busca do Reino de Deus. Queremos também nós, apoiados pela vossa graça redentora, redobrar a nossa confiança em vós e tudo fazer para que o otimismo, a coragem, a fé e a esperança na vida sejam nossas armas contra aquilo que nos contraria, nos entristece, arrefecendo nossa vontade de viver e superar as dificuldades que se abatem contra nós. Amém.